Quando si ha finito di lavorare su di un'immagine, in genere si desidera salvarla. In effetti è sempre una buona idea fare molti salvataggi intermedi, dato che, non si sa mai, GIMP potrebbe anche andare in crash (raro ma non impossibile) o potrebbe mancare la corrente. La maggior parte dei formati di file che GIMP può aprire, possono essere usati anche per salvare. C'è un formato file che è speciale: l'XCF, il formato nativo di GIMP, molto utile perché memorizza quasi ogni informazione relativa all'immagine (non memorizza le modifiche intermedie per gli «annullamenti» ). Perciò il formato XCF è particolarmente interessante per i salvataggi delle versioni intermedie di lavoro e per salvare immagini che devono successivamente essere riaperte in GIMP. I file XCF non sono leggibili dalla gran parte dei programmi di visualizzazione delle immagini perciò, una volta finito il lavoro, è conveniente salvare l'immagine in un formato di uso più diffuso come JPEG, PNG, TIFF, ecc.

Ci sono diversi comandi per salvare le immagini. Un elenco e le corrispondenti informazioni su come usarli li si pu├▓ trovare alla sezione che riguarda il Menu file.

GIMP permette di salvare le immagini che abbiamo creato in una varietà di formati. È importante ricordare che l'unico formato in grado di mantenere tutte le informazioni sull'immagine, inclusi livelli, trasparenze, ecc. è il formato nativo di GIMP xcf. Ogni altro formato mantiene solo alcune informazioni sull'immagine mentre altre vanno perse. Quando si salva un'immagine, GIMP tenta di ricordarvi questo fatto, ma è comunque compito dell'utente comprendere le capacitza del formato immagine che si sceglie.

Come detto sopra, non c'è formato file, con l'eccezione del formato nativo di GIMP XCF, in grado di memorizzare tutti i dati di un'immagine di GIMP. Quando si richiede di salvare un'immagine in un formato che non la rappresenta completamente, GIMP lo segnala, elencando le informazioni che verranno perse, e chiede se si vuole "esportare" l'immagine in una forma che il formato di file possa gestire. L'esportazione di un'immagine non modifica l'immagine originale perciò non si perde nulla nell'operazione.